实验室密切注视虫生真菌领域的进展和成就，与国内外及海峡两岸同行保持着密切的联系和频繁的学术交流。同美国康乃尔大学、德国耶拿大学、英国威尔士大学、韩国东国大学、日本林业及林产品研究所、泰国国家遗传工程和生物技术中心建立了各种合作关系。多次承担美国农业部、加拿大林务局及国立新加坡大学的国际合作项目。先后有美国、德国、日本、韩国、越南、泰国等十几个国家和台湾的学者及研究生来此访问或合作研究；中心人员也多次去国外进行学术交流参加国际学术会议以及去台湾参加海峡两岸学术交流会议。此外，本室还承办了第三届中韩菌物学学术讨论会和第三届海峡两岸菌物学学术讨论会。